元請・下請間の契約と、元請・施主間の契約は別物です。元請は、施主からの入金の有無にかかわらず、下請業者に対して支払義務があります。 建設業法の指針でも、このような支払保留は厳しく戒められています。直ちに支払うよう請求可能です。

仮に不具合があったとしても、元請が主張できるのは「補修にかかる相当額」の相殺のみです。 軽微な手直しレベルであるにも関わらず、請負代金全額の支払いを拒むことは権利の濫用です。過大な要求には断固反論します。

契約書がないこと自体、元請の建設業法違反の可能性があります。 現場監督からの指示書、メール、LINE、あるいは黙示の指示（追加工事を知りながら止めなかった事実）などを証拠として、追加代金を請求します。